헐버트는 최초의 근대적 관립학교인 육영공원의 교사자격으로 1886년 7월 4일 조선에 왔다. 헐버트는 육영공원에서 근대교육을 펼쳤고, 1891년에 순한글판으로 ‘사민필지’라는 제목의 세계지리서를 펴내어 한국 청년들의 계몽에 힘썼다.
헐버트는 1893년부터 한국 최초의 근대적 인쇄출판소인 삼문출판사를 운영하면서, 1896년부터 간행된 ‘독립신문’을 인쇄·편집을 하였다.
그리고 직접 인쇄 및 발행하던 ‘The Korea Review’지에 우리민족의 기원·민속·풍습·역사·언어·종교 등 다양한 분야에 걸쳐 100여 편이 넘는 논문을 발표하여 한국을 전 세계에 알리는 데 크게 공헌하였다.
1905년 을사늑약의 부당함을 담은 광무황제의 친서를 가지고 미국을 방문하여 미대통령과 국무장관을 찾아갔으나 만나지 못하였다.
1907년 헤이그에서 열린 제2차 만국평화회의에서 을사늑약의 부당함과 파기를 위한 호소문을 불어로 번역하고, 직접 현지 기자들을 만나 한국의 사정과 독립을 호소하는 등 헤이그 특사의 활동을 막후에서 지원하였다.
1909년 광무황제에게 상하이 독일은행에 예치한 예금을 찾아달라는 부탁을 받았으나 성공하지 못하고 개인사정으로 미국에 돌아갔다. 미국으로 돌아간 후에도 헐버트는 뉴욕타임즈 등에 글을 기고하거나 한국의 입장을 호소하는 순회강연을 하는 등 한국 독립을 위한 노력을 1945년 광복을 맞을 때까지 계속하였다.
헐버트는 1949년 7월 29일 국빈자격으로 초대되어 내한하였으나, 방문 일주일만인 8월 5일 오후 12시 15분 청량리 위생병원에서 노환으로 영면하였다. 1950년 정부는 헐버트의 공로를 기려 건국훈장 독립장을 수여하였다.